新三板交易方式主要有竞价交易、做市交易和盘后固定价格交易，不同层级交易方式存在差异：

​基础层：主要采用集合竞价交易和做市交易。集合竞价交易中，每个转让日的 9:30、10:30、11:30、14:00、15:00 进行集中撮合 ；采取做市交易方式的股票，须有 2 家以上做市商为其提供做市报价服务 。​

创新层：可选择竞价交易、做市交易或盘后固定价格交易。竞价交易为连续竞价，与主板交易方式类似；盘后固定价格交易在收盘集合竞价结束后，按照时间优先原则对收盘价申报进行撮合，并以当日收盘价成交 。

​北京证券交易所（由新三板精选层升级而来）：以连续竞价交易为主，同时支持盘后固定价格交易和大宗交易。连续竞价交易时间为每个交易日的 9:30 - 11:30、13:00 - 15:00；盘后固定价格交易申报时间为 9:15 - 11:30、13:00 - 15:30，交易时间为 15:05 - 15:30 。