港股通佣金和A股佣金是可以分开协商的，具体要看券商的规定。大部分券商在开户时会明确告知两者的佣金标准，投资者也可以根据自己的交易需求和客户经理沟通调整。费用方面，港股通佣金通常和北交所一样是万分之三，A股默认佣金一般在万分之三左右，想要更优惠的费率需要联系客户经理具体申请。

港股通与A股佣金的两点关键区别
1、协商灵活性不同。A股佣金因为交易更频繁，很多券商会根据客户资金量或交易频率调整；港股通由于参与门槛较高（一般50万），客户群体相对固定，协商空间同样存在但可能更依赖具体沟通。比如有客户同时交易A股和港股通，最后谈下来A股佣金稍低，港股通保持基础费率。
2、费用构成有差异。A股佣金包含交易规费，港股通则还涉及香港市场的交易费、结算费等额外费用，这些是固定收取的，所以实际总成本中佣金占比可能比A股低。但券商收取的港股通佣金部分，确实可以和A股分开谈，不会互相绑定。

以上是关于港股通佣金与A股佣金能否分开谈及费用的解答，希望对你有帮助。觉得有用请点赞，想了解具体佣金协商技巧或开低佣金账户的，联系我，我司上市券商能提供专业服务。