参与新三板精选层新股申购与沪深交易所申购的显著区别主要体现在以下几方面：

一是申购条件。沪深A股新股申购，需要T - 2日前20个交易日日均持有1万元以上非限售A股市值。而新三板精选层申购，开通新三板合格投资者权限，满足前10个交易日日均资产100万等条件就行，不看持仓市值。

二是缴款机制。沪深市场是中签后缴款，即先申购，等中签结果出来后，再缴纳认购资金。新三板精选层是全额预缴，在申购时就要全额缴纳申购资金，待获配股数确定后，多余资金退还。

三是配售规则。沪深市场是按市值配售，根据投资者持有的市值来分配申购额度，中签率较低。新三板精选层是按比例配售，申购越多配售越多，如果认购总量超发行量，会按比例给投资者配售股票。

四是交易规则。沪深市场新股上市首日有涨跌幅限制，主板一般为44% ，科创板和创业板为20%。新三板精选层上市首日不设涨跌幅限制，从次日起涨跌幅限制为30%。