港股通、沪股通、深股通交易规则有以下特殊之处。

交易时间上，只有在沪、深、港三地交易所均正常交易且能够满足结算安排时才提供服务。比如香港节假日或结算系统故障时，即便A股正常交易，也不能通过港股通买卖港股。

交易货币上，内地投资者通过港股通买港股用人民币，港股券商按市场汇率换为港币交易，卖出股票后再换为人民币。沪股通、深股通则是境外投资者用港币换人民币交易A股。

交收制度不同，A股是T+1交收，即当天买第二天才能卖；港股通买港股实行T+2交收，T日买的股票，T+2日才可转托管或卖出。

涨跌幅限制有差异，A股一般有10%或20%涨跌幅限制；港股没有涨跌幅限制，所以投资港股通股票时股价波动可能更大。

标的范围方面，沪股通、深股通和港股通有特定的股票名单。沪股通和深股通标的是上证或深证符合一定条件的成份股和A+H股上市公司的上交所、深交所A股；港股通标的是恒生综合大型股指数、中型股指数成份股，以及同时在港交所和上交所或深交所上市的A+H股公司的H股等。