监管部门可通过以下措施利用手续费监管防范市场操纵和不正当交易行为：
首先，制定灵活动态的手续费调整机制。根据市场活跃度和交易风险状况，适时提高异常交易频繁品种的手续费。当某一期货品种短期内交易量异常放大，价格波动剧烈时，提高其交易手续费，增加操纵成本，抑制过度投机，警示意图操纵市场者。
其次，实施差别化手续费政策。对不同规模和交易频率的投资者设置不同手续费标准。对于高频交易投资者，适当提高手续费，防止其利用频繁报撤单干扰市场正常秩序。对长期价值投资者给予一定手续费优惠，引导市场形成理性投资氛围。
再者，建立手续费与违规行为关联机制。一旦发现投资者存在市场操纵、内幕交易等不正当交易行为，除常规处罚外，大幅提高其后续交易手续费，使其违规成本显著增加，起到惩戒和威慑作用。
另外，加强手续费信息披露。要求交易场所及时、准确公布手续费调整情况和原因，让市场参与者清楚了解手续费变化背后的逻辑，增强市场透明度，减少信息不对称引发的不正当交易。
最后，加强跨市场手续费监管协同。不同金融市场之间存在一定联动性，监管部门要加强沟通与合作，统一手续费监管标准和行动，防止不法分子利用市场差异进行跨市场操纵等不正当交易。