北交所和科创板的新股申购在配售原则上存在以下主要区别：

配售方式：

北交所：采用按比例配售的方式。投资者的申购数量越多，且越早下单，获配的机会可能越大。这里不要求投资者持有市值，只需有足够的现金即可参与申购。科创板：采用摇号中签的方式。投资者的申购额度是根据其持有的市值来确定的，之后通过摇号抽签来决定中签号码，中签的投资者才能获得配售的股票。

市值要求：

北交所：没有市值要求，投资者只要有足够的现金就可以参与申购。科创板：投资者需要根据持有的市值来确定可以申购的额度，这样可以更有效地限制和管理申购规模。

资金使用：

北交所：由于按比例配售的机制，可能会面临资金冻结的情况，直到配售结果公布。科创板：中签后才需要支付资金，这样可以避免资金的长时间冻结。

总体来说，北交所更适合资金充裕且愿意承担资金冻结风险的投资者，而科创板则更适合在市值管理下希望通过摇号增加中签机会的投资者。根据自身的条件和偏好，投资者可以选择适合的申购方式。