新三板协议转让定价基准的确定可参考以下方法：
首先是参考公司的基本面，分析公司的财务状况，如查看营收、利润、资产负债情况等。盈利能力强、资产质量好的公司，其股份定价通常会高一些。比如一家连续多年净利润稳步增长的企业，其转让价格可能就比业绩不佳的企业要高。
其次是参照同行业类似公司的估值，看看行业内其他企业的市盈率、市净率等指标，以此来判断自身公司的大致价值区间。若行业平均市盈率为20倍，那该公司也可在此基础上，结合自身情况确定转让价格。
再者，考虑市场供需关系，如果对该公司股份感兴趣的买家多，形成供不应求的局面，转让价格就有上浮的可能；反之，若卖家多而买家少，价格可能会下降。
另外，还可参考过往的交易价格。如果公司之前有过协议转让交易，那么之前的成交价格能为此次定价提供重要参考。在参考过往价格时，要考虑时间间隔内公司的发展变化和市场环境的改变。
最后，交易双方也可通过协商确定价格。双方基于各自对公司未来发展的预期、转让的紧迫性等因素进行沟通，最终达成一个都能接受的转让价格。