通过证券APP变更第三方存管，一般可按以下步骤操作：

1. 准备工作：确保证券账户资金余额为0，且无未完成的交易、转账或查询流水。
2. 登录APP：打开所开户证券公司的官方APP，使用证券账户的用户名和密码登录。
3. 进入业务办理页面：在APP中找到“业务办理”“我的”或“账户管理”等类似板块，然后查找“三方存管变更”选项。
4. 验证身份：根据页面提示，输入手机验证码、交易密码或其他身份验证信息进行身份验证。
5. 选择新存管银行并输入信息：选择新的三方存管银行，输入新银行卡号、持卡人姓名、身份证号码等相关信息。
6. 上传证件与录制视频：按要求上传身份证正反面照片、银行卡正面照片，部分证券公司可能还要求录制视频以确认身份和意愿，按提示录制并上传。
7. 提交申请：确认信息无误后，点击“提交”按钮。申请提交后，需等待证券公司和银行审核。
8. 确认新存管关系：审核通过后，可登录新三方存管银行的APP或证券APP，确认新的存管关系是否成功建立，也可进行小额转账测试。

不同证券公司的APP在操作流程和界面设计上可能存在差异，如有疑问，可联系证券公司客服咨询。