在港股通交易中，投资者使用量化交易策略时，交易资费的计算和管理主要面临以下挑战：一是交易频繁增加计算复杂性。量化交易策略往往会在短时间内产生大量交易，交易次数多，涉及多种类型的交易费用，计算起来难度大，容易出错。二是规则差异造成管理困难。港股通交易涉及内地和香港市场，两个市场的交易资费规则不同，投资者需要同时熟悉并遵循两边的规则，这增加了管理的难度。三是费用波动影响成本预估。市场情况和交易规模的变化会导致资费费率波动，难以准确预估交易成本。

针对这些挑战，建议投资者：首先，使用专业的交易软件。软件可以自动计算交易资费，减少人工计算的误差和工作量，提高计算的准确性和效率。其次，加强学习。深入了解内地和香港市场的交易资费规则，关注规则变化，避免因规则不熟悉导致管理失误。最后，建立成本监控机制。实时监控交易成本，根据市场情况和交易规模调整策略，合理控制交易成本，尽量降低资费波动带来的影响。