港股通交易的费用构成包括交易税费、结算收费和证券公司佣金。交易税费包含印花税、交易征费、交易费、交易系统使用费，结算收费有股份交收费、证券组合费。

和直接在香港市场开户交易相比，费用成本有以下差异：
其一，印花税。港股通和香港直接开户一般都要交，不过港股通以港币成交金额为基数换算成人民币计收，香港开户按港币计收，汇率因素可能产生费用差异。
其二，交易征费、交易费等，两者标准基本一致，但港股通在换汇时可能增加成本。
其三，股份交收费，港股通和香港开户收取方式和标准接近。
其四，证券组合费，港股通根据持有港股的市值按不同层级收取，而香港直接开户有的券商可能不收，有的收费标准不同。
其五，证券公司佣金，香港市场券商众多，竞争激烈，佣金费率差异较大且可能有优惠活动；港股通具体佣金由内地证券公司制定，整体市场化竞争程度没香港高。

总体而言，港股通费用相对透明、规范，直接在香港开户交易费用虽有灵活优惠的可能，但需投入更多时间精力了解对比。