您好，在南京有网点的证券公司开融资融券费用低的可以选择以下几家：中信证券，银河证券，国投安信，海通证券，方正证券，想要申请降低费率可以在开通前根据资金量和客户经理协商的，后期有问题也可以随时进行沟通的。

在南京有网点的证券公司开融资融券费用降低方法如下：
1.与券商客户经理协商直接沟通：联系当前使用的南京地区券商客户经理，表达希望降低融资融券利率的意愿。客户经理会根据资金量、交易频率、信用等级等因素调整利率。说明对现有利率的不满意，并请客户经理协调降低利率。

2.对比市场：提前了解市场上不同券商的融资融券费率水平，以及行业平均水平，做到心中有数，以便在谈判时能提出合理的要求。

3.增加资产量：绝大部分证券公司对于资产量大的客户可以酌情降低融资融券的利率。投资者可增加账户中的现金或证券，提升保证金比例，有助于降低利率。

4.选择低费率券商：部分券商对大额资金投资者提供更低的融资利率，如南京券商融资融券两融专项利率比较低的，新开即可申请。投资者可对比不同券商的费率政策，选择利率更低的券商。

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