与主动管理型基金相比，投资中证1000和中证2000指数基金的优势和劣势如下：

优势：

低成本：指数基金的管理费用相对较低，因为它们不需要进行复杂的选股和市场分析。分散风险：中证1000和中证2000指数包含大量成分股，能够有效分散个股风险，降低单一股票波动对整体投资组合的影响。透明度高：指数基金紧密跟踪对应的指数，投资者可以清晰地了解基金的投资方向和表现，预期收益较为透明可预测。被动管理：被动管理的投资策略减少了人为因素的干扰，避免了基金经理的选股失误和市场判断错误。

劣势：

缺乏灵活性：指数基金严格按照指数成分股配置，不能根据市场情况及时调整投资组合，可能在市场快速变化时错失一些投资机会。可能表现平平：在市场行情分化明显的情况下，指数基金的表现可能不如一些出色的主动管理型基金，后者有可能通过精准选股和灵活调整获取更高收益。长期持有风险：尽管分散风险，但如果整个市场表现不佳，指数基金也会受到拖累，无法规避系统性风险。

综上所述，选择中证1000和中证2000指数基金还是主动管理型基金，应根据投资者的风险承受能力、投资目标和对市场的判断来决定。如果追求低成本和长期稳定回报，指数基金是一个不错的选择；而如果希望通过专业管理获取超额收益，主动管理型基金可能更为适合。