港股通与A股在交易费用结构上存在显著差异，主要体现在以下几个方面：

首先，港股通交易需缴纳印花税，税率为成交金额的0.1%（买卖双向收取），而A股目前单边征收0.05%。其次，港股通收取交易征费0.0027%和交易费0.00565%（均为双向），这两项费用在A股交易中不存在。第三，港股通证券组合费按持有市值每日收取0.008%的年费率（最低2港元），A股则无此项费用。此外，港股通交易结算费为成交金额的0.002%（双向），低于A股的过户费（0.001%，仅卖出收取）。

值得注意的是，港股通交易佣金由券商自主设定（通常0.03%-0.1%），比A股佣金率高不少。汇率兑换成本也是港股通特有的费用因素。总体而言，港股通交易成本较A股高，投资者需在交易前充分了解相关费用标准。

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