全仓买卖超过一百万股的股票是否会被视为废单，或者是按一百万股有效买卖，取决于具体交易市场的规则。以下是一些主要市场的相关规定：

沪市和深市：

在上海证券交易所和深圳证券交易所的普通交易中，单笔申报的数量不得超过100万股。如果超过这一数量，超出部分可能会被视为无效，需要重新分批次进行申报。

科创板：

科创板的交易规则与沪市、深市类似，单笔申报的数量也不得超过100万股。如果超过这一数量，同样需要分批次进行交易。

北交所：

北交所的普通交易中，单笔申报数量也有类似的限制，具体规则请参考北交所的交易规定。

大宗交易：

大宗交易是针对大额股票交易的特殊交易方式，通常有不同于普通交易的规则和流程。在进行大宗交易时，单笔交易的数量限制可能会有所不同。因此，投资者在进行大宗交易时应遵循相关市场的具体规定。

总结： 在沪市、深市、科创板和北交所的普通交易中，单笔申报数量不得超过100万股。如果全仓买卖的股票数量超过100万股，超出部分会被视为无效，需要分批次进行交易。大宗交易则有不同的规则，投资者应根据具体市场的规定进行操作。

因此，为了确保交易的有效性和合规性，投资者在进行大额交易时，应仔细了解交易所的相关规则，合理分配交易数量，避免因超出限制而导致废单。