要在手机上申请一个证券低手续费账户，可以按照以下步骤操作：

选择证券公司：选择一家信誉良好、手续费合理且提供线上开户服务的证券公司，例如中信证券、国泰君安等。

下载官方APP：在手机应用商店中搜索并下载所选证券公司的官方APP，或者通过访问该证券公司的官方网站获取下载链接。

准备材料：准备好有效的身份证件和银行卡，以便后续填写信息和绑定账户。

填写信息：打开证券公司的APP，按照提示进行开户申请，填写个人信息、上传身份证件照片，并绑定银行卡。

视频认证：按照APP的提示进行视频认证，确保身份的真实性。

风险测评：完成风险测评问卷，以评估个人的风险承受能力。

设置密码：设置交易密码和资金密码，以确保账户的安全性。

提交申请：核对填写的信息，确认无误后提交开户申请。

联系客户经理：提交申请后，可以通过APP或官网联系证券公司的线上客户经理，协商降低手续费。客户经理通常有权限提供优惠，可以帮助您获得更低的交易手续费。