要在手机上申请证券低佣金账户，可以按照以下步骤进行：

联系客户经理：提前联系证券公司的客户经理，协商佣金费率。一般来说，资金量较大或交易频繁的投资者有更大的议价空间。

下载开户APP：在证券公司官方网站或各大应用商店下载该证券公司的官方APP，或者通过第三方金融服务平台（如同花顺、东方财富）下载开户软件。

填写资料并上传证件：打开APP后，按照提示填写个人信息，并上传身份证正反面照片及其他必要的材料。

风险测评：完成个人风险承受能力测评，根据自身的风险承受能力选择适合的投资产品。

设置账户密码：根据提示设置账户登录密码和交易密码，确保账户安全。

选择证券账户类型：选择开通的沪深A股账户，必要时还可以选择开通科创板、创业板等特定市场交易权限。

签约三方存管银行：选择并绑定三方存管银行账户，用于证券账户资金的存取。

提交申请并等待审核：确认所有信息无误后，提交开户申请。证券公司会进行审核，通常审核时间在1-2个工作日内。

账户开通：审核通过后，账户正式开通，您可以根据协商好的佣金费率进行交易。

在开户前，务必详细了解证券公司的佣金政策和服务条款，确保选择的证券公司能够满足您的投资需求。