股票交易手续费通常是按照每笔交易来计算，而不是按照投资组合计算。股票交易手续费主要包括以下几种及计算方式：
印花税：是对卖出股票的一方征收的一种税，税率为成交金额的 1‰，此税收由券商代扣后由交易所统一代缴至税务部门，是单向收取，即买入股票时无需缴纳印花税，只有在卖出股票时才会收取。比如卖出 10 万元的股票，印花税为 100000×0.001=100 元。佣金：是投资者在委托买卖股票时需要支付给券商的费用，双向收取，即买入和卖出股票时都要支付。佣金比例一般在万分之二到万分之三左右，具体比例由投资者和券商协商确定，单笔佣金不足 5 元的按 5 元收取。假设佣金比例为万分之三，买入 5 万元的股票，佣金为 50000×0.0003=15 元；若买入 1 万元的股票，佣金应为 10000×0.0003=3 元，但因单笔佣金不足 5 元，所以按 5 元收取。过户费：是指股票成交后，更换户名所需支付的费用，由中国结算公司收取，双向收取，目前上海证券交易所和深圳证券交易所的过户费均为成交金额的 0.01‰。例如，买入或卖出 10 万元的股票，过户费为 100000×0.00001=1 元。
不过，在一些专业的投资分析或综合成本核算场景下，可能会将投资组合中所有股票交易的手续费进行汇总计算，以评估整个投资组合的交易成本，但这并不是手续费的实际收取方式，只是一种分析和统计的方法。