1.出口退税
保税区与境外之间的货物流通实行真正的备案制度，海关对货物的手册管理转变为对企业实行账册管理，货物、物品从非保税区进入保税区，视同出关，凭出口报送单、外汇核销单、增值税发票即可办理出口退税手续,不必等到货物离境时办理。
2.进出口经营活动权
在2003年海关总署发文，已对天津、上海、厦门、深圳四地的保税区内企业赋予进出口经营权。在此基础上，应扩大企业进出口经营活动范围，包括：
（1）进出货物不受数量限制；商品可拆散、储存、分级、分类、修理、再制造、重新包装、重新标鉴、清洗、销毁、与外国或国内商品混合或重新出口；
（2）运进所在国其他地区的商品可是原来货物的全部、也可以是其中的一部分，可以是原样、也可以加工后进口；
（3）对进出区的经营活动不加限制，例如已纳税的进口货可以从纳税地进入区内与其他货物混合后，再免税进入纳税地等。
3.通关、检验手续和运输监管政策
(1)连通保税区和港区,实行区港统一监管,避免二次通关的重复手续，同时深入推进港区一体化管理体制，完善从码头到保税区的专用通道和形成海陆空立体多式的联运体系。厦门海沧保税港区等区域已在该方面进行尝试，应进一步推广至其他保税区。
(2)海关根据货物的品种、来源地等特点有针对性的抽查检验。
(3)当因为区内企业的简单加工和运输作业而使货物的形态、数量、税号等性质发生改变时,海关在监管中可以有针对性地核对备案记录,不必要求一一对应,只要基本吻合即可。
4.金融外汇管理
在区内放松金融管制，实行金融自由化。其主要内容：
（1）放宽或取消对银行支付存款利率的限制；
（2）减少或取消对银行贷款规模的直接控制，允许业务交叉；
（3）允许更多的新金融工具的使用和新金融市场在区内的设立；
（4）放宽外国金融机构经营活动的限制及对本国金融机构进入国际市场的限制，减少外汇管制，放开经常项目下的货币兑换；
（5）在汇率制度的安排中增加汇率的灵活性。
5.行业准入
对于在保税区设立物流企业,审批上应该实行鼓励性政策,简化审批手续，有关物流行业的外资进入领域问题,也可以不受我国“入世”承诺的开放时间表限制,允许外资提早进入。