申请低佣金的股票账户可以按照以下步骤进行：

了解佣金结构：首先要了解券商收取的费用结构，包括佣金和规费。要特别注意有些券商的佣金报价是否包含规费，避免被误导。

避免直接在官网或App开户：不要直接在券商的官网或App上进行开户，因为这样获得的佣金通常是默认的较高佣金（如万分之3）。如果之后再想让客户经理降佣金，他们可能不愿意。

联系客户经理：通过朋友推荐或者在一些投资论坛、社交平台上寻找券商的客户经理。与客户经理直接联系，可以谈判获得更低的佣金率。

选择合适的券商：大券商通常佣金较高，但有品牌和服务优势。一些中小券商为了吸引客户，可能提供更低的佣金率。考虑自身需求，选择合适的券商。

询问是否包含规费：在确定佣金率之前，一定要明确询问该佣金是否包含规费，以避免后续产生额外费用。

签订第三方存管协议：开户时需签订第三方存管协议，确保账户资金由银行进行管理，保障资金安全。

通过以上步骤，你可以申请到一个低佣金且安全的股票账户。