申请低佣金证券账户可以按照以下步骤进行：

选择券商：首先选择一家信誉良好的券商。大券商虽然品牌优势明显，但佣金可能较高。中小券商为了吸引客户，通常愿意降低佣金。

了解费用结构：在选择券商之前，务必要了解他们的费用结构。特别要注意佣金是否包含了规费。一些券商可能会用净佣金（不包含规费）来吸引客户，所以要问清楚总的费用。

避免官网或App直接开户：不要直接通过券商的官网或App进行开户，因为这样通常会默认按较高的佣金费率（如万分之三）收取。建议通过第三方平台或联系客户经理进行开户。

联系客户经理：通过朋友介绍或在投资论坛、社交媒体等渠道找到券商的客户经理，直接联系他们进行开户。与客户经理沟通时，可以直接谈佣金费率，争取到更优惠的佣金。

签订第三方存管协议：股票账户开户需要签订第三方存管协议，资金管理由银行负责，这样可以确保资金的安全性。

完成开户流程：按照券商客户经理的指导，提供必要的个人信息和文件，完成开户流程。

通过以上步骤，可以有效地申请到低佣金的证券账户。