上海证券交易所和深圳证券交易所在融资融券业务方面有一些区别。以下是两个交易所办理融资融券申请的一些主要区别：

申请条件：上海证券交易所和深圳证券交易所的融资融券申请条件略有不同。一般来说，申请融资融券需要满足一定的股票市值、股票流通市值、日均交易量等指标要求。

融资融券标的：上海证券交易所和深圳证券交易所可以融资融券的标的物也存在差异。上海证券交易所主要开展融资融券业务的标的为蓝筹股，深圳证券交易所则包括蓝筹股和创业板股票。

融资融券金额：两个交易所对于融资融券的限额也有所不同。上海证券交易所的融资融券限额较大，可以根据投资者的净资产、股票市值等因素进行逐级提高；深圳证券交易所的融资融券限额相对较小。

监管规定：上海证券交易所和深圳证券交易所在融资融券业务的监管规定上也存在一些差异。例如，上海证券交易所对于融资融券账户的开户、风控要求等方面有着详细的规定，而深圳证券交易所的规定相对较少。