如果您在香港中签了新股但未能及时补足差额，证券公司是否会退回已扣除的余额，取决于您与证券公司之间的协议及其政策。通常情况下，以下几种情况可能发生：

取消认购资格：如果您未能在规定时间内补足差额，证券公司可能会取消您的新股认购资格，并将已扣除的款项返还给您。这种情况下，您不会获得新股，但能取回已支付的金额。

违约处理：如果您的行为被视为违约，证券公司可能会根据合同条款进行处理，包括可能扣除一定的违约金或手续费。这种情况下，您可能无法全额取回已支付的金额。

联系证券公司：建议您尽快联系证券公司，了解具体的处理流程和可能的后果。他们会提供详细的指导，帮助您解决问题。

注意事项了解合同条款：参与新股认购前，应详细阅读并了解与证券公司签订的合同条款，确保自己清楚相关的规定和责任。确保资金充足：在决定参与新股认购前，应确保账户中有足够的资金支付所需款项，以避免类似情况的发生。

通过及时与证券公司沟通，您可以获得准确的信息和帮助，确保问题得到妥善解决。