银行卡开通第三方存管业务并非仅限于银行柜台办理，实际上，有多种方式可以实现这一目的。您可以选择亲自前往银行柜台进行办理，也可以通过银行的网上银行系统、手机银行应用，或是证券公司的在线开户平台进行办理。不同的银行和证券公司可能会有不同的开通流程和要求，因此在办理前，建议您先咨询相关机构的工作人员，了解详细的开通步骤和所需材料。

至于您今天到银行柜台办理时遇到的情况，可能有以下几种原因：

银行柜台的工作人员可能对该业务的具体办理方式不太熟悉，或者存在理解上的偏差，导致未能正确指导您进行办理。您可以尝试向其他工作人员或银行的客服部门咨询，确认该业务是否可以在该银行办理，以及具体的办理方式。不同的银行在办理第三方存管业务时，可能会有不同的政策和流程。有些银行可能更倾向于通过网上银行或手机银行进行办理，而不提供柜台办理服务。因此，您可以查询该银行的官方网站或咨询客服部门，了解该银行的具体办理方式和政策。也有可能是您所在的地区或该银行分行正在进行业务调整或系统升级，导致暂时无法提供柜台办理服务。您可以向银行工作人员咨询相关情况，并了解何时能够恢复柜台办理服务。