流动性不足
交易活跃度低：新三板市场的交易量和交易频率相对主板市场明显偏低，买卖双方难以快速匹配，投资者在需要变现时可能面临困难，无法及时找到合适的买家或卖家，导致资金不能及时回笼.
投资者门槛高：新三板对投资者的资产规模、投资经验等有严格要求，如一类投资者在证券账户和资金账户的资产需在 200 万元以上，并且具有 2 年以上投资经验，这限制了大量中小投资者的参与，使得市场资金量相对有限，进而影响了市场的流动性.
做市商制度不完善：虽然实行做市商制度，但部分做市商仅提供名义性的报价，实际参与交易的积极性不高，导致市场的流动性未能得到有效提升.
信息披露问题
信息披露要求低：相比主板市场，新三板企业的信息披露标准相对较低，披露的及时性、完整性和准确性有待提高，可能存在信息披露不及时、不充分甚至虚假记载等情况，投资者难以获取足够准确的信息来全面评估企业的经营状况和财务状况，从而增加了投资决策的难度和风险.
信息不对称风险高：由于信息披露的不足，投资者与企业之间存在较大的信息不对称，企业内部人员可能掌握更多关键信息，而外部投资者处于信息劣势，这容易导致逆向选择和道德风险问题，例如企业管理层可能利用信息优势进行不当利益输送或做出不利于投资者的决策.
企业质量与估值问题
企业质量参差不齐：新三板挂牌企业数量众多，规模和质量差异较大，部分企业在财务状况、治理结构、发展前景等方面存在不确定性和风险，抗市场和行业风险的能力较弱，这使得投资者在选择投资标的时面临较大的挑战，投资风险增加，也影响了市场的整体吸引力和交易活跃度.
市场估值水平不理想：由于投资者群体相对较小，市场流动性不足，以及企业质量的分化，新三板企业的估值可能不如主板市场高，企业在融资时可能无法获得理想的估值和融资金额，影响其融资效果和后续发展.
交易风险
股价波动大：新三板市场的参与者较少，股价容易受到市场情绪、少量大额交易等因素的影响，导致股价波动较为剧烈，投资者可能面临较大的短期价格波动风险.
缺乏涨跌幅限制：与主板市场不同，新三板股票没有涨跌幅限制，这意味着股票价格在一天内可能出现大幅上涨或下跌，投资者的收益和风险都被放大，对投资者的风险承受能力和投资决策能力提出了更高的要求.
协议转让的弊端：新三板的协议转让方式往往导致同股价格差距巨大，削弱了新三板的价格发现功能，协议转让价格不能准确反映上市公司的真实价值，也增加了投资者的交易风险.
监管风险
监管力度相对较弱：相较于主板市场，新三板市场的监管力度有待加强，部分上市公司可能存在违规行为，如财务造假、内幕交易、操纵市场等，这些违规行为不仅会损害投资者的利益，还会破坏市场的公平性和正常秩序.
审核机制宽松：新三板的上市门槛相对较低，审核机制较为宽松，这虽然有利于中小企业进入资本市场，但也导致一些质量不高或存在问题的企业能够相对容易地挂牌，增加了市场的不确定性和风险.