在证券账户开户时与客户经理协商佣金时，需要注意以下几个方面：

了解市场行情：在与客户经理协商之前，先了解当前市场上各大券商的佣金费率水平，做到心中有数。这样可以在协商时有更好的谈判基础。

明确需求：根据自己的交易频率和交易金额，确定自己能够接受的佣金水平。频繁交易的投资者可以争取更低的佣金费率。

比较不同券商的服务：除了佣金费率，还要比较不同券商提供的服务质量、交易平台的稳定性、研究报告的质量等。选择综合服务更适合自己的券商。

询问优惠政策：有些券商可能会有针对新客户的优惠政策，比如一段时间内的佣金减免或其他优惠活动，了解这些信息可以帮助你获得更好的条件。

长期合作的可能性：如果你打算长期在某个券商开户，可以向客户经理表明这一点，争取到更优惠的佣金费率。

确认最终协议：在与客户经理达成协议后，务必要确认最终的佣金费率和其他相关费用，并确保这些信息在开户合同中明确写明。

保持沟通：开户后，如果觉得佣金费率还有调整空间，可以保持与客户经理的沟通，特别是在交易量增加或市场情况变化时，可能会有进一步协商的机会。

通过以上几点，你可以在开户时与客户经理协商出更符合自己需求的佣金费率。