在税收方面，私募股权投资基金的税收优势被认为是有限合伙制优于公司制的根本原因，但是在证券投资领域，有限合伙型与信托型基金的税负基本相当。《合伙企业法》第六条规定：“合伙企业的生产经营所得和其他所得，按照国家有关税收规定，由合伙人分别缴纳所得税。”合伙企业本身不具有独立的主体资格，不必缴纳企业所得税，而当企业盈利时普通合伙人和有限合伙人根据各自情况缴纳所得税。若有限合伙人是企业法人，其证券投资收益在自身企业层面缴纳企业所得税；若有限合伙人是个人投资者，根据相关规定其证券投资收益只需申报税务机关，不需缴纳所得税。由于目前的私募基金管理人多为企业法人，因此普通合伙人经营私募基金和投资所得收益则需缴纳企业所得税。同样，信托产品本身并不是合格的纳税主体，证券投资收益需根据投资人的各自的法律主体地位分别缴纳所得税。也即，企业法人缴纳企业所得税，自然人不纳税。另外，有限合伙企业需要缴纳营业税。信托产品虽然本身不需缴税，但是作为企业的基金管理者仍需缴纳营业税。如此看来，两种模式下的营业税负担相当。