通过同花顺开方正证券的股票账户可能会有以下一些缺点：

佣金费用较高：通过同花顺开户的佣金率可能相对较高，通常是默认的万三，而通过其他渠道（如直接联系证券公司或通过客户经理）可能可以获得更低的佣金率。

服务限制：通过同花顺开户的账户可能无法享受到某些方正证券提供的专属服务或优惠政策，如免费的一对一咨询服务、VIP账户待遇等。

账户管理：在同花顺上开设的账户管理和操作可能没有直接通过方正证券开设的账户方便，比如某些功能或操作可能需要通过同花顺平台进行，而不是直接通过方正证券平台。

信息安全：在第三方平台开设账户，可能存在一定的信息安全隐患，尽管同花顺是一个相对安全的平台，但毕竟增加了一个中间环节。

客户支持：通过同花顺开户后，遇到问题可能需要通过同花顺的客服进行解决，而不是直接联系方正证券的客服，这可能在某些情况下增加了解决问题的时间和复杂度。

如果你希望获得更好的佣金率和服务，建议可以考虑直接联系方正证券的客户经理或通过其他渠道进行开户。