首先，创新层目前的1381家挂牌企业在规模、收入、利润等各个方面均存在显著差异。排名前50位企业在规模、盈利、收益质量等方面均显著优于创新层的均值。

其次，作为新三板创新层中优秀企业的代表，新三板创新层前50位的企业在规模、盈利能力、收益质量上均优于创业板企业的平均水平。

新三板较为优秀的企业（排名前50）虽然在规模、盈利、收益质量等维度上均优于创业板企业，但成交量、交易活跃程度、市盈率却显著低于创业板企业。也就是说新三板创新层前50位的企业没有获得与其盈利能力相适应的估值水平。

究其原因，一是因为新三板整体流动性水平远低于创业板，抑制了创新层中优秀企业的估值水平；二是新三板创新层的1000多家企业在规模与盈利上差异巨大，目前“创新层与基础层”的两分法明显不能涵盖不同企业的异质性特征，导致新三板中较为优秀的企业没有获得相应的流动性水平与估值水平