港股通佣金和A股佣金在技术上是可以分别设置的，但具体是否允许分别设置，以及设置的灵活度，可能会受到多方面因素的影响，包括券商政策、交易平台功能、以及投资者的具体需求和协商结果等。

          港股通佣金设置
默认佣金标准：投资者在开通港股通时，会有一个默认的佣金标准，目前市面上平均的默认佣金标准大约在万分之五左右，但具体数值可能因券商和开户渠道的不同而有所差异。
佣金调整：港股通佣金与固定费用是完全分开收取的，没有设置最低佣金要求。因此，投资者可以与券商协商调整佣金标准，以获取更优惠的佣金费率。
其他费用：除了佣金外，港股通还包含一系列其他费用，如印花税、交易系统使用费、证券组合费等。这些费用的计算方式和收取标准也可能对佣金的总体成本产生影响。
            A股佣金设置
佣金结构：A股佣金结构相对简单，主要包括交易佣金、印花税和过户费。佣金通常按交易金额的一定比例收取，印花税则按成交金额的固定比例征收。
佣金调整：与港股通类似，A股的佣金标准也是可以由投资者与券商协商调整的。不同券商提供的佣金率差异较大，投资者可以通过比较不同券商的佣金率和服务质量来选择最适合自己的券商。
分别设置的可能性
券商政策：不同的券商在佣金政策上可能存在差异。一些券商可能允许投资者对港股通和A股的佣金进行分别设置，而另一些券商则可能采用统一的佣金标准。
交易平台功能：交易平台的功能也可能影响佣金的设置。一些先进的交易平台可能提供灵活的佣金设置选项，允许投资者根据自己的需求进行个性化设置。
投资者需求与协商：最终是否能够实现港股通佣金和A股佣金的分别设置，还需要看投资者的具体需求和与券商的协商结果。投资者可以根据自己的交易习惯、资金量等因素提出佣金设置要求，并与券商进行协商。
          综上所述，港股通佣金和A股佣金在理论上是可以分别设置的，但具体是否可行以及设置的灵活度如何，还需要根据券商政策、交易平台功能以及投资者的具体需求和协商结果来确定。