专项融券和普通融资融券在风险方面存在一些不同特点，以下是一些方面的分析：
专项融券风险特性及与普通融券的比较方面
券源风险：
普通融券：券源相对有限，如果投资者计划进行融券交易但券商没有足额券源，可能面临无法及时建仓的风险；而专项融券通常是券商根据约定专门为客户锁定一定数量券源 ，在这方面只要约定达成则能较好保障券源确定性，减少了因券源不足而交易策略无法实施的风险。但如果专项融券中约定的券源因特殊情况（如标的证券出现重大问题被临时限制交易等）无法正常使用时，由于其是专项性的，可能在短期内难以找到替代券源，相比普通融券可随机寻找其他可融证券而言，风险较集中。
成本及期限风险：
普通融券一般是随借随还、按使用时间计息，相对灵活 。专项融券通常有固定期限且不可提前归还（尽管期间可反复交易） ，如果投资者对市场波动和交易周期判断失误，可能会面临在高成本占用券源但无法有效交易获利的风险；如果市场出现极端变化不利于头寸时，也不能快速解除专项融券合约来止损。专项融券按占用计费，投资者即使没有频繁使用券源也需要支付全额占用费 ，如果交易收益无法覆盖这一成本，相比普通融券按使用计息增加了成本方面的不确定性风险。
交易策略风险：
普通融券投资者可以根据市场情况较为灵活地调整策略，投机性相对强一些。专项融券更适合有较为明确的中长线策略或者特定套利策略等的投资者，如果投资者的策略本身设计存在缺陷或者对相关要素（如套利空间、市场趋势等）判断错误，由于专项的特性，可能会导致较大风险和损失。从策略执行角度，如果专项融券投资者在交易过程中因各种原因未能完全执行既定策略，比如在专项融券用于对冲风险的场景下，对冲交易未能完全实施，由于专项合约的限制等因素，可能导致风险敞口比预期大。
普通融资融券共有的但专项融券可能更突出的风险
流动性风险：
如果市场整体流动性欠佳，专项融券在卖出平仓时可能面临更大难度，因为其标的是专项约定的，可能不像普通融券那样容易在市场上找到其他类似标的进行头寸替换或平仓。
市场风险：
市场大幅波动（无论是整体市场还是标的证券所在板块或行业）对专项融券的影响可能更大，因为专项融券通常是围绕特定标的和策略进行，如果市场方向与预期相反，在期限和策略调整受限情况下，投资者的风险敞口持续存在，遭受较大损失风险增加。比如专项融券用于定向做空某标的，而市场出现非理性上涨，投资者可能面临较大损失。
信用风险：
尽管都是和券商进行交易，但如果券商在专项融券业务过程中因自身管理、系统、财务等问题不能很好履行合同约定（比如对券源管理混乱、计费错误等），投资者可能面临权益受损风险，而专项融券由于其复杂性和专项性，在信用风险方面的后果可能比普通融资融券更复杂。