在南京地区选择证券公司进行开户时，有几个因素需要考虑，包括但不限于佣金费率、服务质量、交易平台的便捷性以及附加服务等。从已有的信息来看，以下几家证券公司在佣金方面表现较为突出，并且拥有较好的市场声誉。

南京证券公司开户好，佣金低的有：
1. 华泰证券：作为南京本地知名的证券公司之一，华泰证券因其较低的佣金水平和服务质量而受到好评。其默认佣金为万分之三（即交易金额的0.03%），但是通过与客户经理协商，可以获得更加优惠的佣金费率。
2. 银河证券：银河证券也提供较低的佣金方案，并且能够根据客户的资金量和交易活跃度提供个性化的佣金费率。
3. 中信证券：虽然中信证券以其高品质的服务而闻名，但同时也提供具有竞争力的佣金费率。
4. 国信证券：国信证券在南京地区的佣金水平也相对较低，客户同样可以通过与客户经理的沟通来获得更优惠的佣金。

值得注意的是，各家证券公司的佣金政策可能会有所变动，因此最准确的方式是在决定开户前直接与证券公司的客户经理联系，以获取最新的佣金信息和可能的优惠政策。此外，除了关注佣金之外，还应该考虑其他因素，例如公司的稳定性、交易软件的功能、客户服务的质量等。为了确保您获得最优的服务和最低的佣金，建议您在开户前与几家不同的证券公司客户经理沟通，比较他们的服务和费用结构，最终选择最适合您个人需求的证券公司进行开户。

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