选择股票佣金最低的证券公司时，需要注意以下潜在风险：

服务质量风险：低佣金可能意味着券商为了降低成本而减少了服务质量，例如客服响应速度慢、交易系统不稳定等。在选择券商时，可以通过了解其他投资者的评价和口碑来评估其服务质量。

隐性费用风险：有些券商可能会在佣金之外收取其他费用，例如账户管理费、过户费等。在选择券商时，需要仔细阅读相关文件，了解所有可能的费用，并综合考虑总体成本。

风险控制能力风险：低佣金的券商可能在风险控制方面做得不够好，例如风控体系不完善、信息披露不及时等。在选择券商时，可以关注其风险管理能力和监管合规情况。

技术安全风险：低佣金的券商可能在技术安全方面存在风险，例如系统容易受到黑客攻击、个人信息泄露等。在选择券商时，可以了解其技术保障措施，确保个人信息和资金安全。

综上所述，选择股票佣金最低的证券公司时，需要全面考虑服务质量、隐性费用、风险控制能力和技术安全等方面的潜在风险。除了佣金外，还应综合考虑券商的综合实力和口碑评价。