新三板限售股在转让时，需要按照税法规定扣除相应的税费。具体来说，个人转让限售股所得，以每次限售股转让收入，减除股票原值和合理税费后的余额，为应纳税所得额。应纳税所得额的计算公式为：应纳税所得额=限售股转让收入-（限售股原值+合理税费）。其中，限售股转让收入是指转让限售股股票实际取得的收入；限售股原值是指限售股买入时的买人价及按照规定缴纳的有关费用；合理税费是指转让限售股过程中发生的印花税、佣金、过户费等与交易相关的税费。

根据税法规定，对个人转让上市公司限售股所得，按照财产转让所得的税目，适用20%的比例税率征收个人所得税。同时，根据国家税务总局颁布的《关于发布〈股权转让所得个人所得税管理办法（试行）〉的公告》（国家税务总局公告2014年第67号），对以下7种情形均按照股权转让征个人所得税，包括出售股权、公司回购股权、发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售、股权被司法或行政机关强制过户、以股权对外投资或进行其他非货币性交易、以股权抵偿债务以及其他股权转移行为。

在预缴税款方面，证券机构将扣除个人所得税款，于次月7日内直接上缴国库，并报送主管税务机关《限售股转让收入预扣税个人所得税报告表和其他材料》。主管税务机关应向证券机构出具《一般纳税证明》，或通过横向在线电子纳税方式扣缴证券机构的税款预缴属于个人所得税税款存入国库。同时，主管税务机关应向纳税人签发税务转移专用完税证明，作为纳税人预缴个人所得税的纳税凭证。