新三板限售股的扣税主要涉及个人所得税的缴纳，具体规定如下：

1. **个人转让限售股所得税**：个人转让新三板限售股时，其转让所得被视为财产转让所得，需按照20%的比例税率征收个人所得税。计算公式大致如下：
应纳税所得额 = 限售股转让收入 - (限售股原值 + 合理税费)
应纳税额 = 应纳税所得额 × 20%

2. **扣税计算**：在计算应纳税所得额时，需要从限售股转让收入中减去股票的原值（即购入成本）和在转让过程中发生的合理税费。合理税费可能包括但不限于交易手续费、印花税等。

3. **政策差异**：需要注意的是，对于企业转让“新三板”挂牌的股票，增值税处理上各地税务机关可能存在不同做法。有的认为需要按照“金融商品转让”缴纳增值税，而有的则认为无需征收增值税。因此，企业在进行相关操作时，最好咨询专业的税务顾问或直接向当地税务机关确认最新的税收政策。

4. **税收优惠**：虽然上述为一般规定，但特定时期或特定条件下，可能有税收优惠政策。例如，新三板市场的企业股权转让在某些情况下可以享受申请所得税前扣除等形式的税收优惠，但这类优惠需要依据最新的政策文件和具体情况进行判断。

鉴于税法和相关政策可能随时间调整，建议在进行限售股转让前，向所属证券公司或专业的税务顾问咨询最新的税收政策和操作流程，确保合规且最大限度地利用可能的税收优惠。