长期特别国债和普通国债在多个方面存在区别，以下是一些主要的差异：

发行目的：

特别国债：通常是为了特定的政策目标或应对特定的经济情况而发行的，如支持国家重大战略实施、重点领域安全能力建设等。普通国债：则是为了满足政府的一般财政支出需求，如基础设施建设、公共服务等。

资金用途：

特别国债：资金使用有明确的专项用途，专款专用。普通国债：资金用途较为广泛，不限于某一特定项目。

发行期限：

特别国债：期限通常较长，如20年、30年、50年等。普通国债：期限可能包括短期、中期和长期，具体期限根据政府需求而定。

付息方式：

特别国债：可能采用按半年付息的方式。普通国债：付息方式可能包括按年付息或其他方式。

利率：

特别国债的利率通常会受到市场利率、发行目的和期限等因素的影响，有时可能会略高于同期普通国债的利率，以吸引投资者。普通国债的利率则反映了市场对政府信用的一般评估。

但这并不是绝对的，具体哪个利率更高取决于市场条件、政府信用、经济状况等多种因素。在实际情况中，特别国债的利率可能高于、等于或低于普通国债。

审批流程：

特别国债的发行可能需要经过特别的审批程序。普通国债则按照常规的财政债券发行流程进行。

市场影响：

特别国债的发行可能会对特定的市场领域产生较大影响，如支持某个行业的发展。普通国债则更多地影响整体市场流动性。

投资者在选择购买时，应考虑自身的投资目标、风险承受能力以及市场状况，对两种国债的利率、期限和资金用途等因素进行综合评估。