首先，A-H溢价之所以能存在而不会被套利消除，是因为有市场分割。也就是说，买的A股不能拿到香港去卖。而且，对于股票这种金融资产来说，有一种天生的缺陷就是很难像衍生品一样进行无风险套利。从逻辑上来说，市场分割导致了这种套利困难。这就导致了同样的股票即使价格差别很大，也不一定会合拢，可以类比为这相当于在一个水池中间加了一个坝。
　　当承认了市场分割之后，就可以谈论为什么价格不一样。可以类比为为什么水位不一样。
　　根据传统的金融理论，股票的价值应该等于投资者预期的未来现金流经过合理的风险调整的贴现率贴现所得到的现值。如果市场是有效的，那么股票的价格被价值决定。
　　内地市场上市公司规模愈大，市盈率倾向愈低，但在香港市场，不同股票有不同市盈率，市盈率与上市公司规模之间并无显著关系。虽然行业未必是决定市盈率的关键因素，若干行业的股票出于行业性质的关系，其市盈率往往比同一市场其他股票较高或较低。特别是传统金融业的市盈率倾向较低，而新经济行业如科技及医疗保健等则倾向较高。若干行业的公司在香港作首次公开招股，估值也可能较在内地为高。