百万资金开户时，要确定哪个证券公司的佣金最低，可以考虑以下三个步骤：

一、比较不同证券公司的佣金率

不同证券公司的佣金率存在差异，特别是在针对大资金客户时，往往会有更为优惠的佣金政策。例如，大多数证券的佣金率为万分之二点五，可能在大资金客户中提供较低的佣金率。因此，您可以通过官方网站或咨询客服了解不同证券公司的佣金政策，并进行比较。

二、考虑交易成本的综合因素

除了佣金率外，交易成本还包括印花税、过户费等其他费用。在比较佣金率时，还需要考虑这些费用对交易成本的影响。因此，您需要综合考虑各证券公司的佣金政策以及其他费用情况，选择综合成本最低的证券公司。

三、与证券公司协商争取更优惠的佣金政策

在开户前，您可以与证券公司协商争取更优惠的佣金政策。您可以向证券公司表达您的交易需求和资金规模，并询问是否有针对大资金客户的佣金优惠政策。一些证券公司可能会根据您的资金规模和交易频率等因素，提供更为优惠的佣金政策。

综上所述，百万资金开户时，您可以通过比较不同证券公司的佣金率、考虑交易成本的综合因素以及与证券公司协商争取更优惠的佣金政策来确定哪个证券公司的佣金最低。

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