新农合的慢性病住院待遇主要依据各地的具体政策而定，但大致上包括以下几个方面：

报销比例：在大多数地区，新农合的慢性病住院报销比例会根据医疗机构的级别和费用高低有所不同。一般来说，基层医疗卫生机构（如村卫生室、卫生所、卫生院）的报销比例较高，起付线较低，甚至不设起付线。一级以上医疗机构的报销比例会稍低，同时设有起付线。起付线：起付线是指参保人员在享受医疗费用报销之前需要自己承担的费用部分。不同级别的医疗机构起付线不同，一般来说，基层医疗机构的起付线较低，而高级别医疗机构的起付线则较高。慢性病种：新农合的慢性病种包括多种常见的慢性疾病，如高血压、糖尿病、冠心病等。对于这些慢性病种，患者需要在指定的医疗机构进行诊断和治疗，并符合一定的条件才能享受新农合的慢性病住院待遇。申请流程：患有符合新农合规定的慢性病病种的患者，需要按照规定的流程进行申请。一般需要提供相关的病历资料、诊断证明等材料，并经过镇合管站、县合管中心等机构的审核和鉴定。