新三板公司终止挂牌后，股东可以选择将股份进行托管或转让。以下是相关流程和注意事项：
主动终止挂牌：
如果新三板公司股东人数不超过200人，可以选择申请股票到注册地区域性股权市场挂牌转让。
全国股转公司允许挂牌公司主动申请股票终止挂牌，但对于不符合条件的公司，申请可能会被驳回。
不再需要聘请律师出具法律意见书，只需由主办券商出具持续督导专项意见。
强制终止挂牌：
在现行未按时披露年报或半年报、无主办券商持续督导的情形基础上，新增了四大类十二种强制终止挂牌情形。
这些情形包括信息披露不可信、丧失持续经营能力、公司治理存在重大缺陷以及存在重大违法违规行为。
投资者保护措施：
在主动摘牌过程中，挂牌公司需制定合理的异议股东保护措施并经股东大会审议通过。
对精选层公司和股东人数超过200人的创新层、基础层公司，实行网络投票和中小股东单独计票机制。
强制摘牌过程中，挂牌公司和主办券商需充分揭示风险，保障投资者退出机会。
终止挂牌后续安排：
全国股转公司鼓励挂牌公司终止挂牌后到区域性股权市场办理股份登记托管或转让。
对于股东人数超过200人的终止挂牌公司，全国股转公司设立摘牌证券非公开电子化转让服务专区，为其提供股份转让和信息披露服务。