理论上期货价格是市场对于未来现货市场价格的预估值，而现货价格与期货价格之间的联系则用基差来表示。国债期货的基差指的是用经过转换因子调整之后期货价格与其现货价格之间的差额。国债的期货现货套利策略,本质上则是对于基差的预期变化进行交易。
国债期货交割的时候期现基差是0，因此如果市场上出现负基差，就可以做多基差，如果在后续交易中出现正基差，可以平仓获利，或者持有至交割，获取基差的利润，这是基差交易的基本思路。
基差交易的利润来源于持有期收益和基差变化。基差交易是利用基差的预期变化，在国债现货和期货市场同时或者几乎同时进行交易的交易方式。买入基差或者基差的多头就是买入现货国债并卖出相当于转换因子数量的期货合约；卖出基差或者基差的空头则恰恰相反，指的是卖空现货国债并买入相当于转换因子数量的期货合约。
基差的多头从基差的扩大中获取利润，如果国债净持有收益为正，那么基差的多头还可以另外获得该持有收益；基差的空头从基差的缩小中获取利润，如果国债净持有收益为正，那么基差的空头会损失该净持有收益。