如果证券账户中有冻结资金，变更三方存管银行卡的可能性会受到限制。在某些情况下，如果银行卡被冻结，可能无法直接进行三方存管银行的变更。例如，如果需要更换不同银行的三方存管关系，通常要求在办理当天不发生银证转账，且通过证券公司查询银行余额流水没有发生变动，投资者本人携带有效身份证件和三方存管留存联（如果需要）在交易时间内前往银行办理。

但是，如果银行卡只是暂时冻结，例如因为密码输入错误或其他非严重问题导致的临时冻结，一旦银行卡解冻，通常可以继续进行三方存管银行的变更流程。在变更过程中，可能需要遵循证券公司和银行的相关规定，包括但不限于在交易时间内办理、确保账户无未完成的交易流水等。

建议在尝试变更三方存管银行卡之前，先咨询您的证券公司和银行，了解具体的操作流程和要求。如果账户中有冻结资金，可能需要先解决冻结问题，再根据证券公司和银行的指导进行下一步操作。同时，确保在办理过程中遵循所有相关的法律法规和内部政策，以保护您的资金安全。

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