当您将上海证券股票软件升级到新版本时，里面的备注和自选股通常会保留。

在进行软件升级时，大部分股票软件都会考虑到用户数据的重要性，因此在设计升级过程中会尽量确保用户的个人设置、备注以及自选股等信息得以保留。这包括了同步功能，即使在联网状态下操作，也能保证数据的连续性。为了进一步保障您的数据安全，您可以采取以下措施：

1.数据备份：在升级前，您可以在软件的设置中找到导出自选股的选项，将您的自选股数据导出并保存在电脑或云端。这样，即使在升级过程中出现了意外情况，您也可以迅速恢复您的数据。

2.了解更新内容：查看新版本的更新日志或发布说明，了解升级包含哪些新功能和改进，以便对可能出现的变化有所准备。

3.关注官方通知：关注上海证券交易所或您所使用的证券公司的官方通知，以获取关于软件升级的最新信息和指导。

4.联系客服：如果您对升级过程有任何疑问，可以提前联系客服进行咨询，以确保您的疑问得到解答。

总之，只要按照正规的升级流程操作，并且做好数据备份，您的备注和自选股数据应该是安全的。如果升级后发现数据丢失，可以立即联系软件提供商的客服寻求帮助。

有需要可直接联系我，交易功能齐全，新股/新债一键申购、国债逆回购、账户分析、港股通、科创板、期权、融资融券全都有。