跨境ETF的设立模式可分三种：

交叉挂牌模式、联接基金模式和自主设立模式。交叉挂牌模式是指将境外基金管理公司开发管理并在境外交易所上市的ETF放置于境内交易所上市的模式。这种模式有条件实现实物、现金申赎的申赎机制，在法规允许的情况下发行跨境ETF的简便快速的方式，也可以给基金带来规模效应，但境内证券监管层对这种模式下的境外ETF监管困难。欧洲、香港主要采取这种形式。

联接基金模式是指在境内发行一只几乎全部资产投资于境外ETF的基金，并在基金成立后在境内交易所上市交易的模式，这种模式的跨境ETF相当于一只基金中的基金。不同于交叉挂牌模式和自主设立模式，联接基金模式的申赎机制中只能使用现金，而不能使用实物。联接基金模式机制较简单，是发行运作跨境ETF的非常简单易行的模式，这类跨境ETF也便于境内证券监管层实施监管。但联接基金模式无法规避FOF普遍面对的双重收费的问题，可能导致跟踪误差较大。联接基金模式的跨境ETF代表是台湾宝来标智沪深300，它是香港上市的沪深300ETF的联接基金，而香港的宝来台湾卓越50基金，是台湾50ETF的联接基金。

自主设立模式是指由境内基金管理公司开发发行以境外资本市场指数为跟踪标的的ETF，并将该ETF在境内交易所上市的模式。这种模式也有条件实现实物、现金申赎的申赎机制。etf基金网认为在这种模式下，跨境ETF产品开发更为复杂，但更能培养境内跨境ETF的开发与管理能力，也便于境内证券监管层监督管理，更符合跨境ETF在国内的长远发展需求。美国、韩国主要采取这种模式。