百万医疗险中的免赔额大部分是年度1万元，也有个别产品设定为5000元。

免赔额是指在保险合同中约定的，当保险事故发生后，被保险人需自行承担的一部分损失，超过这部分损失的金额由保险公司负责赔偿。在百万医疗险中，免赔额的设置是为了降低保险公司的理赔频率和成本，同时也是为了鼓励被保险人合理利用医疗资源，避免过度医疗。

例如，如果一个百万医疗险产品的免赔额为1万元，那么当被保险人因病或意外受到治疗时，他需要自己支付1万元内的医疗费用。如果治疗费用超过1万元，超出的部分则由保险公司承担。这样的设计可以帮助被保险人在遇到大额医疗费用时得到经济上的缓解。

需要注意的是，免赔额并不是越低越好。虽然低免赔额意味着被保险人可以更快获得保险公司的赔偿，但这也可能导致保险产品的保费增加或者产品稳定性受到影响。如果一个保险产品理赔过多，可能会导致产品亏损，进而面临停售的风险。

综上所述，在选择百万医疗险时，除了关注免赔额外，还应该综合考虑保险的保障范围、保费水平、续保条件等因素，以确保选择到最适合自己的保险产品。

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