国债逆回购是指投资者以购买国债为抵押，向银行等金融机构借入资金，在约定期限到期后回购国债并支付利息的操作。国债逆回购市场在深圳证券交易所和上海证券交易所上线交易，其主要区别如下：

1. 交易市场：国债逆回购深市和沪市分别指的是在深圳证券交易所和上海证券交易所进行的国债逆回购交易。两个交易所的运营主体、交易规则和监管机构均不同。

2. 可交易品种：两个交易所均提供国债逆回购交易，但可交易品种有所差异。深圳证券交易所提供国债、金融债、政策性金融债、地方政府债等品种进行逆回购交易；上海证券交易所则提供国债、金融债、政策性金融债、企业债等品种进行逆回购交易。

3. 交易方式：深市和沪市的交易方式也有所不同。深市采用集中竞价交易方式，即投资者在交易时间内提交委托，交易所根据成交规则撮合买卖双方的委托价格和数量。沪市则采用竞价撮合交易方式，投资者通过发布双向报价单进行交易，交易所根据对手方的报价进行撮合。

4. 交易时间：深市和沪市的交易时间也存在差异。深市的国债逆回购交易时间为交易日的9:30-11:30和13:00-15:00；沪市的国债逆回购交易时间为交易日的9:30-11:30和13:00-15:00。

综上所述，深市和沪市的国债逆回购存在于不同的交易所，可交易品种有所差异，交易方式和交易时间也有细微的区别。投资者在进行国债逆回购操作时需要根据实际情况选择相应的交易市场。