银行间债券逆回购和交易所债券逆回购都是存在银行间债券交易市场的，区别就在于回购，债券回购是指债券交易的双方在进行债券交易的同时，以契约方式约定在将来某一日期以约定的价格（本金和按约定回购利率计算的利息）。
　　银行间债券市场是金融机构（包括银行、证券公司、基金公司、保险公司等）进行债券买卖和回购的市场。而交易所市场是所谓的二级市场，是面向所有投资者（包括上述机构投资者，以及个人投资者）开放的市场。中国的债券市场中，前者占了绝大部分，而作为个人投资者，只能进入后者交易投资。
　　回购品种限制不多，主要是很多债根本不会在交易所市场发，而且两个市场上交易体量相差很大。
交易所的融资融券是集合竞价形式，基本和股票差不多，券款交割都是自主完成的。不需要交易双方交流，托管账户开在交易所，也就没有第三方介入。