同业存单指数基金和货币基金都是投资于短期金融工具的基金，但它们在投资标的、收益特性、风险和流动性等方面存在一些显著的区别。以下是对这两类基金的详细比较：

同业存单指数基金
1. 投资标的：
主要投资于同业存单，特别是那些评级较高（如AAA级）的同业存单。
同业存单是银行之间的存款证明，是一种银行短期融资工具，通常期限较短（1年及以下）。

2. 收益特性：
由于主要投资于评级较高的同业存单，收益通常较为稳定，但相对其他高风险投资工具，收益率可能较低。

3. 风险：
投资风险较低，但仍存在一定的信用风险（即发行银行无法兑付存单的风险）。
市场风险较低，因为同业存单的利率波动通常较小。

4. 流动性：
流动性较好，但可能不如货币基金，因为同业存单的交易并不像货币市场工具那么频繁。

5. 费用：
管理费和托管费通常较低，因为其投资策略较为简单，主要是被动跟踪同业存单指数。

货币基金
1. 投资标的：
投资范围较广，包括短期银行存款、债券回购、央行票据、短期政府债券、商业票据等。
也会投资于同业存单，但并不限于此。

2. 收益特性：
收益较为稳定，通常比银行存款利率高，但比其他高风险投资工具低。
由于投资范围较广，货币基金的收益率可能更具竞争力。

3. 风险：
风险较低，是一种保本型投资工具，但仍存在利率风险和信用风险。
由于投资范围广泛，可以通过多元化投资降低风险。

4. 流动性：
流动性非常好，投资者可以随时申购和赎回，通常T+0或T+1到账。

5. 费用：
管理费和托管费一般较低，但由于投资范围更广，管理成本可能稍高于同业存单指数基金。

主要区别总结
1. 投资标的：
同业存单指数基金：主要投资于同业存单，特别是评级较高的同业存单。
货币基金：投资范围更广，涵盖各种短期货币市场工具，包括同业存单。

2. 收益特性：
同业存单指数基金：收益稳定，但相对较低。
货币基金：收益稳定，通常比同业存单指数基金更具竞争力。

3. 风险：
同业存单指数基金：风险较低，但仍存在一定的信用风险。
货币基金：风险较低，通过多元化投资进一步降低风险。

4. 流动性：
同业存单指数基金：流动性较好，但可能不如货币基金。
货币基金：流动性非常好，通常T+0或T+1到账。

5. 费用：
同业存单指数基金：费用较低。
货币基金：费用较低，但可能稍高于同业存单指数基金。

投资选择建议
同业存单指数基金适合那些希望通过投资评级较高的同业存单获得稳定收益的投资者，特别是对流动性要求不高且愿意承担较低风险的投资者。
货币基金适合那些希望获得比银行存款更高的收益，同时享受高流动性和多元化投资带来的低风险的投资者。

最终，选择哪种基金主要取决于你的投资目标、风险承受能力和流动性需求。建议在做出投资决策前，充分了解各自的特点和自己的投资需求。