如果您在9月29日购买了10,000元的国债逆回购一日，期限为9天，并且最终只取出了9,000元，那么可能是因为您在购买时选择了“卖出”操作，而不是“买入”操作。

在证券交易中，“卖出”操作实际上是借出资金，获得证券作为抵押，到期后收回本金并获得利息。相反，“买入”操作是借入证券，并支付相应的资金。因此，如果您选择了“卖出”操作，您将获得利息收入，但不会看到账面上的赢利。

如果您在取款时发现只取出了9,000元，可能是因为您购买的国债逆回购金额已经通过“卖出”操作返回到了您的账户中。您可以通过查询您的账户余额来确认这一点。

此外，需要注意的是，国债逆回购的利息收入可能不会立即反映在您的交易账户中。具体到账时间可能因证券公司而异，您需要咨询您的证券公司或者确认相关的利息发放时间。

如果您在投资过程中有任何疑问或者困惑，建议您咨询专业的投资顾问或者证券公司的工作人员，以便更好地了解您的投资情况。