1.套利操作过程中会面临指数期货保证金追加风险，若投资资金调度不当，可能迫使指数期货套利部位提前解除，造成套利失败。因此需要保持一定的现金比例，掌握好资金调度，以规避保证金追加风险。
2.进行反向套利(初期买指数期货、卖现货指数)时，如果相应操作为融券情况，在卖空现货指数后股票大涨情形下，套利操作将面临保证金追加风险，从而加大资金投入额，稀释利润。另外，套利操作过程中融券的股票可能会出现暂停交易、除权除息等情况，造成融券的股票必须强制回补，而使模拟股票组合中部分股票部位暴露在风险中，阻碍套利交易进行。
3.进行套利操作时，套利部位必须迅速建构完成，否则期货与现货关系会改变。而短期间进场买进或卖出大规模的现货，会造成供需失衡进而影响现货价格变化，使得最后成交价与买卖价格出现差距产生买卖价差，即市场冲击成本。因此，因为不同股票的流动性不一致，因此市场冲击成本需要被估计。如果此成本被低估，套利可能转为套损，因此合适地控制市场冲击成本将是套利成功关键之一。
4.在以持有成本模型和期货预期理论来构建套利操作时，因为股利的预期成为期货理论价格估计中的重要组成部分，所以股利发放的不确定性成为套利操作中的风险因素。