北交所（北京证券交易所）和新三板（全国中小企业股份转让系统）的主要区别在于以下几个方面：

交易性质与场所：北交所是中国第一家公司制证券交易所，属于场内市场，是正式的股票交易平台；而新三板则是一个场外市场，是全国中小企业股份转让系统，为非上市公众公司提供股份转让服务的平台。

交易门槛：北交所的交易门槛相对较低，要求投资者具备两年及以上的股票交易经验和日均资产50万元及以上；而新三板的门槛较高，其中创新层要求投资者具有两年以上交易经验和日均资产100万元及以上，基础层则要求日均资产200万元及以上。

交易规则：在北交所，新股上市首日无涨跌幅限制，但从第二个交易日起，涨跌幅限制为30%。而新三板中，创新层的涨跌幅限制为50%，基础层为100%。此外，北交所的竞价交易单笔申报最大数量有特定限制，而新三板的交易规则也有所不同。

上市对象：北交所主要面向的是具有一定规模和发展潜力的创新型、科技型及成长型企业；而新三板则主要服务于各类创新、创业、成长型的中小企业，覆盖范围更广。

市场定位与功能：北交所作为更高层次的市场，旨在为中小企业提供更广泛的融资渠道，促进企业成长和资本市场的多层次发展；而新三板则更多地扮演了中小企业股份流通和初步融资的平台角色，为中小企业提供了进入资本市场的初级阶段。

综上所述，北交所和新三板虽然都服务于中小企业，但它们在市场层级、交易规则、参与门槛及上市企业特点上存在明显差异，分别满足不同类型企业和投资者的需求。